水箱自潔消毒器是利用臭氧原理進行殺菌消毒，臭氧是一種強氧化劑，滅菌過程屬生物化學氧化反應。O₃滅菌有以下3種形式：1›臭氧能氧化分解細菌內部葡萄糖所需的酶，使細菌滅活死亡。2›直接與細菌、病毒作用，破壞它們的細胞器和DNA、RNA，使細菌的新陳代謝受到破壞，導致細菌死亡。3›透過細胞膜組織，侵入細胞內，作用于外膜的脂蛋白和內部的脂多糖，使細菌發生通透性畸變而溶解死亡。